คริสตจักรโปรเตสแต้นท์ในประเทศไทย มีประวัติศาสตร์ย้อนไปตั้งแต่ในปี ค.ศ. 1828 เมื่อศาสนาจารย์จาคอบ ทอมลิน และศาสนาจารย์นายแพทย์คาร์ล กุตสลาฟ เข้ามาเผยแพร่ คริสต์ศาสนานิกายโปรเตสแต้นท์เป็นครั้งแรกในประเทศสยาม

  ในปี ค.ศ. 1840 มิชชันนารีคณะเพรสไบที่เรียนอเมริกันเข้ามาในประเทศไทยและตั้งรากฐาน อย่างมั่นคงในปี 1847 มิชชันนารีชุดนี้ประกอบด้วย นายแพทย์ซามูเอล เฮาส์ ศาสนาจารย์สตีเฟน และนางแมรี่ แมตตูน มิชชันนารีคณะนี้ได้จัดตั้งคริสตจักรเพรสไบที่เรียนที่หนึ่งกรุงเทพฯ เมื่อวันที่ 31 สิงหาคม ค.ศ. 1849 ต่อมาได้จัดตั้งเพรสไบเทอรี่แห่งสยามในวันที่ 1 กันยายน 1858

  เมื่อถึงปี ค.ศ. 1861 คณะมิชชันนารีขยายงานไปสู่ภูมิภาคโดยได้จัดตั้งศูนย์มิชชันนารีที่ เพชรบุรี โดยการนําของครอบครัวศาสนาจารย์ดาเนียล แมคกิลวารี และครอบครัวศาสนาจารย์ ซามูเอล จี แมคฟาร์แลนด์ เป็นผู้ปฏิบัติงาน ปี ค.ศ.1867 ครอบครัวของศาสนาจารย์แมคกิลวารี ได้ตั้งมิชชั่นประกาศ คริสตศาสนาที่เชียงใหม่ โดยมีครอบครัวของศาสนาจารย์วิลสันเข้าร่วมงาน ด้วย ครอบครัวมิชชันนารีทั้งสองได้จัดตั้งคริสตจักร เพรสไบที่เรียนที่หนึ่งเชียงใหม่ ในวันที่ 18 เมษายน ค.ศ. 1878 ซึ่งเป็นปีที่มีพระบรมราชโองการ เรื่องเสรีภาพทางศาสนา (มีผลบังคับใช้ในเชียงใหม่ ลําพูน และลําปาง)

  การประกาศพระกิตติคุณได้ขยายออกไปในภูมิภาคต่างๆ มีการจัดตั้งศูนย์มิชชันนารี ที่ลําปาง ในปี ค.ศ. 1885 ลําพูน (ค.ศ.1891) แพร่ ค.ศ. 1893 น่าน (ค.ศ. 1895) เชียงราย (ค.ศ. 189) และพิษณุโลก (ค.ศ. 1899) ภายหลังได้ขยายงานไปยังเขตเชียงตุงของพม่า (ค.ศ. 1904 - 1908) และเขตเชียงรุ้งของจีน (ค.ศ. 1971-1941)

  ในปีค.ศ. 1900 ได้จัดตั้งศูนย์มิชชันนารี ที่นครศรีธรรมราช และเมื่อถึงปี ค.ศ. 1910 ได้จัดตั้งศูนย์มิชชันนารีที่ตรัง ซึ่งเป็นศูนย์มิชชันนารีที่ขยายการประกาศคริสตศาสนาไปสู่ ท้องถิ่นที่อื่นๆ ในภาคใต้

  ในเดือนเมษายน ค.ศ. 1932 ได้มีการรวมเพรสไบเทอรี่สยามและลาว เพื่อจัดตั้ง องค์กรปกครองคริสตจักรไทยที่เป็นอิสระ มีการรณรงค์และออกวารสาร "ข่าวคริสตจักร" ในปี ค.ศ. 1934 มีการจัดประชุมเพื่อจัดตั้ง “สภาคริสตจักรในประเทศสยาม” ที่ประชุม ได้รับธรรมนูญการปกครองคริสตจักรสยาม ซึ่งกําหนด คริสตจักรประจําชาตินี้ว่า "คริสตจักรในสยาม” มีนโยบายหลัก 3 ข้อ คือ "ประกาศพระกิตติคุณด้วยตนเอง "การเลี้ยงตนเอง" และ "การปกครองตนเอง"

การปกครอง

  สภาคริสตจักรในประเทศไทยมีการแบ่งการปกครองออกเป็นคริสตจักรภาค คริสตจักรท้องถิ่น หมวดและศาลาธรรม อีกทั้งมีหน่วยงานและสถาบันการศึกษา สถาบันการแพทย์ร่วมทําพันธกิจของพระเจ้าอย่างครบวงจร
  สภาคริสตจักรในประเทศไทยมีความสัมพันธ์กับคริสตจักรสากล อาทิ เป็นสมาชิก ของสภาคริสตจักรสากล (World Council of Churches: WCCสภาคริสเตียนแห่งเอเชีย (Christian Conference of Asia: CCA) และ สหคริสตจักรปฏิรูปสากล (World Communion of Reform Churches: WCRC)

นิมิต

  สภาคริสตจักรในประเทศไทยมีเอกภาพแห่งการรับใช้ เพื่อประกาศพระกิตติคุณ สร้างคริสตจักรที่มีสง่าราศี และสร้างสรรค์สังคมที่มีสันติสุข

พันธกิจ

  สภาคริสตจักรในประเทศไทยคือองค์กรทางศาสนาคริสต์นิกายโปรเตสแตนท์ ที่รวมตัวกันเพื่อทําพันธกิจของพระเจ้าในประเทศไทย อันประกอบด้วย พันธกิจด้าน การประกาศเผยแพร่พระกิตติคุณ พันธกิจด้านการศึกษา พันธกิจด้านการรักษาพยาบาล และพันธกิจอื่นๆ โดยมีหลักข้อเชื่อ ข้อปฏิบัติ และธรรมนูญเดียวกัน อยู่ภายใต้การปกครอง เดียวกัน ด้วยวิธีการเลี้ยงตนเอง ปกครองตนเอง และประกาศพระกิตติคุณด้วยตนเอง