พันธกิจตั้งคริสตจักรฝั่งอันดามัน ดำเนินงานภายใต้สภาคริสตจักรในประเทศไทยโดยมีคณะผู้บริหารสภาคริสตจักรในประเทศไทยเป็นผู้กำกับดูแล พันธกิจนี้เป็นงานที่ต่อเนื่องจากพันธกิจช่วยเหลือผู้ประสบภัยจากธรณีพิบัติภัยสินามิ เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม ค.ศ. 2004 และสภาคริสตจักรในประเทศไทยได้ตั้งคณะทำงานขึ้นเมื่อวันที่ 8 มีนาคม 2005 เพื่อช่วยเหลือประชาชนในพื้นที่ 6 จังหวัด ที่มีพื้นที่ติดทะเลอันดามัน คือ ระนอง พังงา ภูเก็ต กระบี่ ตรัง สตูล
1. พันธกิจการประกาศ ตั้งคริสตจักร
2. พันธกิจการพัฒนาชุมชน
3. พันธกิจด้านสังคมสงเคราะห์ ทุนการศึกษาเยาวชนสาหรับครอบครัวที่ประสบภัยสึนามิ
4. พันธกิจการช่วยเหลือด้านสาธารณสุข
ในการประชุมสมัชชาสภาคริสตจักรในประเทศไทยสมัยสามัญครั้งที่ 29 ได้มีการรับรองพันธกิจตั้งคริสตจักรฝั่งอันดามัน เป็นพันธกิจของสภาคริสตจักรในประเทศไทย และเริ่มดำเนินการตั้งแต่วันที่ 1 มกราคม ค.ศ. 2007