มีหน้าที่หลักในการพัฒนาเยาวชนคริสเตียนและบุคคลทั่วไปให้ได้รับการศึกษาในระบบ นอกระบบ
และการศึกษาตามอัธยาศัยเพื่อเป็นบุคลากรที่มีคุณภาพและประสิทธิภาพ มีชีวิตที่สมบูรณ์ตามแบบของพระเยซูคริสต์ พันธกิจการศึกษาประกอบด้วยสถาบันการศึกษาขั้นพื้นฐาน
และสถาบันการศึกษาระดับอุดมศึกษา โดยมีสำนักงานพันธกิจการศึกษา
เป็นผู้ประสานงานระหว่างคณะกรรมการพันธกิจการศึกษากับสถาบันการศึกษา และมูลนิธิแห่งสภาคริสตจักรในประเทศไทย
ปัจจุบันมีสถาบัน การศึกษาขั้นพื้นฐาน 27 แห่ง ซึ่งโรงเรียนปกรณ์พิทยา เป็นโรงเรียนล่าสุดและระดับอุดมศึกษา 2 แห่ง